質量體系認證的對象是質量體系，即質量保證能力。它依據的是等同于ISO9000族系列標準的有關國家標準（如GB/T9001：2008）。它的作用是能夠提高顧客對供方的信任，增加訂貨，減少顧客對供方的檢查評定，有利于顧客選擇合格的供方。質量體系認證是自愿的，企業通過體系認證獲得的體系認證證書不能用在所生產的產品上，但可以用于正確的宣傳，它是ISO向各國推薦的一種認證制度之一。

產品質量認證是對產品做型式試驗，又對與產品有關的供方的質量體系進行評定，評定內容包括供方的質量體系對其生產、設備、材料采購、檢驗方法等能否進行恰當的控制，能否使產品始終符合技術規范。產品質量認證通過后不僅頒發認證證書，而且還允許在產品上使用認證標志。
質量體系認證與產品質量認證最主要的區別是認證的對象不同。產品質量認證的對象是特定產品，而質量體系認證的對象是供方組織的質量體系。由于認證對象的不同，引起了獲準認證條件、證明方式、證明的使用等一系列不同。但它們也有共同點，就是都要求對供方組織的質量體系進行體系審核。
在了解質量體系認證與產品質量認證的區別與作用后，企業選擇以哪種方式進行認證就很容易了。大致可分為以下幾個需要考慮的因素：企業的產品品種有多少，產品是否執行國家規定的強制性標準，用戶的性質屬于哪一類，用戶對質量認證形式的具體要求等。因此，對于生產的產品是單一品種，或執行強制性標準的產品，或成批大量生產的產品，或產品的用戶較分散，或需方指定要求供方獲得產品質量認證證書的企業，都應該考慮進行產品質量認證。對于多品種、小批量，或沒有權威性產品標準可作為產品認證的依據，或需方指定要求供方獲得質量體系認證證書的企業，應該考慮進行質量體系認證。
質量體系認證有覆蓋面廣的優點，但對外影響不如產品質量認證。產品質量認證可以將標志直接制作在產品的包裝上，具有影響面大的優點。但它的局限性也很大，只能在某一特定的產品上使用，兩者各有利弊。企業在選擇用哪種方式認證時，要根據自身的情況和客戶的要求，慎重選擇，不要認為質量體系認證范圍大、水平高、信譽好，而產品質量認證水平低。更不能盲目聽信某些違法認證機構的誤導，對此企業一定要有清醒的認識。